在5月29日，朱清时校长发布了《致2012年考生和家长的一封信》。信中，朱校长说“南方科技大学（以下简称“南科大”）已经教育部批准正式建立，并将立即开始今年的招生工作。2012年南科大招生面向广东、山东、四川、安徽、河南、湖北、湖南、福建等部分省份的应届高中毕业生，共计180人，全部为按理工科大类提前批次录取，入学时不分专业。”南科大招生终于纳入到教育部的正式计划，并开始招生，南科大的各种合法化危机得以化解。从整个南科大诞生过程来看，它从筹建，到批准筹建，到正式批准建立，到2011年“非法”自主招生，到2012年的合法化招生，每一步充满了创新与荆棘。或许现在的结果与南科大筹建时朱清时校长的壮志“去行政化”、“教授治校”、“自主招生”、“自授学位”等有较大差距，现在的结果或许是南科大发展进程中的一小步，但对中国高等教育来讲，则是一项大的突破，标志着中国高等教育向前迈进了一大步。南科大的正式招生，突破了中国高等教育很多合法性法律、法规、制度、政策等的限制，彰显着中国高等教育希望改革并取得突破的决心。
南科大首先突破了中国大学的设立模式。按照现行的大学设置标准，南方科技大学20年也不可能达到今天的现状。它突破了从筹建到正式建设、从专科到本科、从学院到大学、从教学型大学到研究型大学的层级限制，一步到位被批准为“研究型大学”。在相应高等教育法律法规时效内完成这些层级跨越，实属大突破。这其中虽然有广东省、深圳市的贡献，但最主要的还是承载着中国高等教育改革的决心。从“211工程”、“985工程”到如今的“2011计划”，中国太想生产一批世界一流大学了，也太想创造一个中国大学跨越式发展的模式了。正是上层的决心，才造就了今天南科大的诞生。
其次，南科大突破了中国大学的管理模式。中国几乎所有的公办大学均实行科层式的管理模式。而南科大虽然遵从中国高等教育法有关“党委领导下的校长负责制”，但同时《南方科技大学管理暂行办法》规定，“理事会为南科大的决策机构”。 2012年5月24日，南科大第一届理事会第二次会议在深圳市五洲宾馆召开。“理事会审议了朱清时校长作的南科大筹建工作和2012年工作计划、教师队伍建设、学科建设等报告。理事会还审议了南科大校区建设工作报告及2011年财务决算和2012年财务预算报告。”由此可见，南科大理事会无论在《南方科技大学管理暂行办法》规定中，还是在实际大学运行中，均具有校长聘任、学校重大事项决策等方面的职能。这是中国大学管理模式的一个彻底创新。中国真正实施理事会决策的公办大学目前也只有南方科技大学一家，这不能不说是中国大学内部管理体制的一项重大突破，是建设现代大学制度的一次试水。
第三，南科大突破了中国大学的招生模式。《国家中长期教育改革和发展规划纲要（2010-2020）》提出了今后十年中国大学招生的方向与模式，即“完善高等学校招生名额分配方式和招生录取办法，建立健全有利于促进入学机会公平、有利于优秀人才选拔的多元录取机制。普通高等学校本科招生以统一入学考试为基本方式，结合学业水平考试和综合素质评价，择优录取。对特长显著、符合学校培养要求的，依据面试或者测试结果自主录取；高中阶段全面发展、表现优异的，推荐录取；符合条件、自愿到国家需要的行业、地区就业的，签订协议实行定向录取；对在实践岗位上作出突出贡献或具有特殊才能的人才，建立专门程序，破格录取。”其中提到的五种录取方式，虽然是一种理想和追求，但目前中国无一所公办大学实施真正意义上的自主招生。它们大都或多或少地具有高考“一考定终身”的意味。而南科大“今年的自主招生将采用基于高考的综合评价录取模式，即报考我校的学生在全国统一高考后，须参加我校组织的复试。高考成绩占60%，高中阶段的平时成绩占10%，南科大组织的复试成绩占30%，最终构成考生的综合成绩，按考生综合成绩择优录取。”“南科大的复试以书面形式测试学生的创新能力和综合素质，包括记忆力、想象力、注意力和洞察力。把考生的这些素质作为录取依据之一，有利于创新人才的选拔，特别是有利于教育资源薄弱的农村和非重点中学的优秀创新人才脱颖而出，也有利于引导中小学的素质教育。”虽然南科大自主决定的分数只占总分的30%，高考仍占总分的60%，但对比而言，在目前中国社会环境氛围中，这应该是一种理性的自主招生模式，也是目前可以为考生和社会接受的一种方式。
 南科大一小步，中国高等教育一大步。香港科技大学用20年创造了一个世界一流大学跨越式发展的模式，希望南方科技大学也能创造一个在中国大陆本土建设世界一流的模式。