有句话说得很好，数学是火，点亮物理之灯；物理之灯，照亮化学之路；化学之路，通向生物之峰。这句话其实就暗含着两条正常的科研思路。
一条思路可以称之为正向研究，即先找到有意义的现象（如生物现象或化学现象），再找到支撑这一现象的主要化学反应，接着找到驱动这些化学反应发生的物理规律，最后写出可以表达这一物理规律的数学公式。现在太多的研究者甘愿做井底之蛙，闭门造车。以生物学研究为例，大部分的研究致力于探寻与某一表型有关的蛋白或通路，然而，一个表型后面岂止是几个蛋白，几条通路。细胞或生物体内的各个组分之间相互联系、相互影响、相互制约，应该从更系统的角度去探寻这一表型发生的原因。不止从细胞或生命体的角度看这些蛋白或通路之间的关系，还应从更高的角度，如从环境的角度探寻这些蛋白或这些通路之间的关系，因为“不识庐山真面目，只缘身在此山中”。就像探究漂浮在河面上的一堆树叶的运动规律，有的人发现这堆树叶中有的树叶从河流上游往下游运动，有录像，有理有据，一篇文章；有的人发现这堆树叶中有的树叶从河流下游往上游运动，有录像，有理有据，又一篇文章；有的人发现这堆树叶中有的树叶在河流中打转运动，有录像，有理有据，又一篇文章……如果从树叶的角度看这个问题，会感觉异常复杂，乱七八糟。但如果换个角度，例如，从河流的角度看，就会发现树叶的运动都与水的流动有关，从河流下游往上游运动的树叶是因为河流在流动过程中遇到阻拦的石头，因石头的反作用力而改变局部水流的方向；在河流中打转的树叶是因为局部的河水存在一个漩涡……可见，换个角度看，这个问题就简单多了。
另一条思路可以称之为反向研究，即基于数学，特别是统计学，来推导出一种现象或表型。现在的各种组学研究实质上就是一种反向研究。这种研究也存在着一定的风险，因为从数学到生物表型之间还有未知的物理和化学鸿沟，一点的变化就能导致结果天壤之别。正如，1的365次方是1，1.01的365次方约等于37.8，0.99的365次方约等于0.03，1.02的365次方约等于1377.4，0.98的365次方约等于0.0006。因此，单纯基于组学结果得出的结论存在很大的风险。
科学研究不能一叶障目，不见泰山，对待科研不能只注重表面和局部，自以为得到的正确的认识，实际上离真相还差很远。为避免因没能全面认识而产生的偏差或错误，应具备基本的判断能力，去思考，去分析，不要被点滴的结果所迷惑而做出错误的结论。