医学起源于巫术和宗教活动，原始社会的舞蹈形式通常是其复杂仪式的一部分，超自然力量就产生于其中。如果医学是人类对抗疾病的有意识的尝试，那么医学就和人类自我意识本身的发展历史一样久远。但由于文字史料的缺乏，我们对最早期医学所知甚少，现有的关于那个时代的知识几乎是建立在推理的基础上。尽管如此，19世纪和20世纪的研究成果，以及古生物学和人类学的证据，也似乎表明了医学是起源于巫术和巫师的实践经验。
安抚恶魔
也许史前人类开始时就是通过绘画来区别哪些病症是观察得到的、解释得清的，而哪些是人无能为力的。可以肯定的是，一些保留下来的化石就可以显示某些疾病，如关节炎、结核病，及由受伤引起的骨畸形的证据。一方面，与其他人和动物搏斗后留下的伤痕，由寄生虫引起的感染等，外因很明显，凭经验治疗相对容易；另一方面，还有一些疾病，没有明显的原因，不知从何而来，却威胁着健康和生命。这样，缘于对疾病和死亡的恐惧，人类开始探寻生命本身的自然规律。
当一个人只能眼睁睁地看着他的同伴被未知的力量击垮时，他就逐渐确信，像疾病和死亡这样令人痛苦而又神秘的事情是魔鬼在作怪；而同时也会有友善的神仙大发慈悲，为生命带来快乐和幸福。除了痛苦和死亡，另一些令人恐惧和难以解释的事情，如狂风暴雨和漆黑的夜晚也会出现。人们也把这些现象同妖魔鬼怪联系起来，想象它们可能是愤怒的鬼魂或是被猎杀动物的幽灵，于是想尽各种办法，用崇拜和献祭的方式来慰籍超自然的力量。这样，巫师出现了，他们声称自己具备星相学的知，懂得治病和解毒用的草药，知道如何安抚恶魔鬼魂，就这样，在本能和经验的积累下，巫术经验医学逐渐形成。
在原始社会里，医生与巫师所起的作用很可能是密不可分的，即使在今天也是如此。在法国境内的一个山洞里，发现了一块距今1.7万至2万年前的岩石雕刻，上面画着一位医生，头戴巨大的鹿角面具，代表着原始社会的早期巫师形象。戴上动物面具是为了吓跑那些带来疾病的妖魔，并给病人以深刻印象，从而使患者对其所念的符咒、戏剧性的仪式表演和所开的药方深信不疑。
史前外科
巫师即是魔法师，他们编出符咒，能让人们生病，也能让人好起来；做出护身符，能让疾病好转，也可使其加重。作为生命秘密的守护人，他们逐渐形成了一个独立的阶层。他们表演的仪式看上去似是骗术，而他们的工作却与现代医学有着一定的联系。因为他们的学识，尤其是有关动物毒素和植物的特性的知识，都来自大自然中。例如，毒参茄(含有东莨菪碱)能用来做催眠剂，还用作解毒剂以加速蛇咬伤口的愈合。这带着我们回到了遥远暗淡的过去，并可推测出他们推进了两种医药科学的发展：镇静剂和疫苗接种。
最重要的是，巫师们是最先在活体对象上实施头颅骨环锯术或钻孔术的。在世界许多地区发现的众多头骨都显示，病人通过这种手术得以存活。因为颅骨钻孔的边缘已经钝化，这表明手术过后骨骼组织愈合了。钻孔的位置说明了施行的外科手术是为了特定的目的，比如是为了驱走头痛或癫痫。同样可能的是，巫师们是想把一些东西从头颅中移走，显然这些东西是某种重大秘密的源泉。也许是鬼怪在折磨着病人，手术过程很可能是兼有某种仪式和治疗的两种目的和性质。毋庸置疑，那些史前的外科医生有一些是具备高超医术的，因为那些用作刺穿脓肿、放血和做环锯术的最古老的手术工具，竟然仅仅是有着锋利边缘的石块和燧石。
医学的历史总是与宗教的历史有着密切的联系，因为两者所做的努力目的都是相同的：保护着每个人与邪恶力量作斗争。由于宗教在早期文明中就已经具有确定的形式了，所以医学逐渐在神庙和圣地内建立了基础。
魏兰顿的维纳斯，距今约4000年，发现于奥地利。可能是已知最早的人类雕像。维纳斯被认为是多育的像征。
一具史前被钻锯的颅骨。钻孔可以是圆的，或方的。洞孔大小从小洞到直径5cm不等。已经发现的一些颅骨显示，同一个颅骨上曾做过数次手术。
古埃及人用河马牙制成的魔法杖。据说这种魔法杖能用来保护患者和孩童。