弗朗西斯·培根爵士(Sir Francis Bacon)（Francis Bacon，1561年1月22日—1626年4月9日），英国文艺复兴时期散文家、哲学家。英国唯物主义哲学家，实验科学的创始人，是近代归纳法的创始人，又是给科学研究程序进行逻辑组织化的先驱。1620年，培根描述了“解释自然的真正建议”。培根提出了一种评估科学的方法，其中包括对事实的充分了解、健康的怀疑态度和对事实评估中存在偏见问题的认识。培根的这项工作促成了伦敦皇家学会的建立，最终在1665年3月6日促成了人类第一份科学期刊英国皇家学会《哲学汇刊》的诞生(Spier, 2002)。
《哲学汇刊》致力于自然科学，是皇家学会成员报告“世界上许多重要地区天才的研究和劳动”的工具。这些最早的文章最初由亨利·奥尔登伯格编辑。尽管Oldenburg经常被认为是同行评议的创始人，但他更多是收集皇家学会成员的意见，而不是批判性的发表前评议(Baldwin, 2018)。爱丁堡皇家学会被认为是最早在1731年建立一个更正式的评估体系的机构之一。这与出版编辑政策一起被记录下来，声明“通过通信发送的回忆录根据主题分发给那些最精通这些事务的成员。关于成员身份论文作者并不知道。在这一时期，科学期刊主要是科学和专业协会的产物。这些协会及其成员都保护自己的名誉，并积极指派由协会成员组成的委员会来确定出版材料的适宜性(Kronick, 1990年)。然而，令人感兴趣的是，人们已经知道对确定是否适合出版有效性的关切。关于出版物的免责声明由出版期刊的协会作出。曼彻斯特文学与哲学学会声明:“对于事实的真实性、推理的合理性和计算的准确性，我们完全不承担责任:必须完全依靠作者的知识、判断或能力....。”(克罗尼克,1990)。
整个19世纪和20世纪初，同行评议一直在发展。期刊编辑使用匿名审稿人，通常选择最优秀的科学家来完成这项任务。审稿人作为看门人保护科学文献的质量和他们专业社会的声誉(Baldwin, 2018)。这些匿名审稿人通常也是出版期刊的协会和/或编委会的成员，对出版物做出所有决定。
值得注意的是，即使这种内部类型的审查也不是普遍的，也不总是受欢迎的。有一件著名的轶事要归功于阿尔伯特·爱因斯坦，爱因斯坦1935年到达美国后才不得不面对同行评议。他和同事将一篇关于引力波的论文寄给美国首屈一指的物理学期刊Physical Review。期刊主编John Tate对于是否出版这篇文章犹豫了一个月，随后他把文章寄给了一个审稿人希望获的参考意见。审稿人回了十页评论，质疑这篇论文的许多中心观点。主编将这些评论返还给爱因斯坦，要求他思考一下其中提到的问题，作出必要修改。对此爱因斯坦非常恼火，他是这样回复的：“我们将稿件交由您来发表，但并没有授权您在出版前将它展示给其他专家看。我没有任何理由去处理您那位烦人专家的错误评论。介于发生了这样的事情，我还是更愿意将这篇文章发表在别的刊物上。”爱因斯坦从Physical Review撤回了那篇文章，随后将其发表在一家刊物上。尽管如此，出版版本仍然有大幅修改，缓和了许多原文中的主要主张。
直到20世纪中期，该杂志才邀请编辑人员以外的人对手稿进行评估。这种变化的部分原因是编委会和编辑的工作量增加，需要尽快发表研究结果。《新英格兰医学杂志》在20世纪60年代开始对所有提交的论文使用两种外部评审，《自然》在1973年才开始对所有论文使用外部评审。从那时起，科学期刊的编辑和编委会使用多个外部的匿名审稿人来协助挑选文章发表，这已成为一种惯例。有趣的是，正是在这一过渡时期，同行评审一词首次被使用，这意味着该评审过程只能由被认为是作者同行的专家完成(Baldwin, 2018)。Baldwin提出，通过国家卫生研究院和国家科学基金会等资助组织对同行评议的利用，在我们的科学文化中同行评议的地位和概念被进一步确立。60年代和70年代，美国国会的调查重点是国家卫生研究院和国家科学基金会授予的赠款类型和质量以及这些赠款的管理。由资助机构以外的专家进行同行评审的概念被国会和科学界接受为“唯一可接受的评估科学质量的方法”(Baldwin, 2018)。这段漫长的历史为我们当前的同行评审制度、它的局限性以及我们如何改进它提供了背景。
值得思考的是，我们目前如何定义同行评审以及期望它实现什么。同行评审的定义是，科学工作由被判断为专家的个人进行批判性评估，以帮助确定工作是否适合发表(Hames, 2014)。但是对同行评议的期望难以确定，在科学家和门外汉之间往往存在差异。同行评议预计将解决的问题包括发现稿件中的欺诈行为，识别拙劣科学，评估观察结果的长期影响，评估技术细节和方法，以及改善结果分析和论文写作风格。
与同行评审相关的问题同样很多。与同行评审相关的具体批评包括:难以确定合适的同行作为合格的评审人员，抑制创新，作者和评审人员之间存在的偏见和利益冲突，评审人员之间的不一致观点，以及推迟发表和经济负担增加。
同行评议有时会受到公众和科学界的怀疑，这并不奇怪。许多对同行评议的期望一再被证明达不到要求。同行评议已被证明在发现欺诈和错误方面无效，而且对创新研究的意义视而不见(韦斯曼,2006)。同行评议之间的一致性很差，证实性偏误已被证明显著影响同行评议(Martyn, 2000)。此外，同行评议过程本质上对读者是不透明的。通常情况下，审稿人对作者和读者来说都是匿名的，读者也不知道同行审稿人对已出版稿件的影响。
尽管目前同行评议过程存在诸多缺陷，但仍有很多机会可以加以改进。最近的技术进步在某些方面有助于审查。许多期刊利用计算机程序来说明识别抄袭和欺诈图片和数字。编辑试图向审稿人提出特定的问题，并开发模板化文文件以关注审稿人的评论。审稿人培训已被提议以改进同行评审。然而，这对评论的质量只有适度甚至没有积极影响(Schroter et al.， 2008, 2004)。尽管有这些和其他许多改进同行评议的尝试，这个过程仍然主要对作者和读者封闭。偏见、对竞争对手(毕竟是同行)扼杀或盗取他人成果的担忧、不准确的评论、有时粗鲁和不适当的评论等持续存在的问题仍然是重大问题(Mavrogenis et al.，2020年)。
Hall RP 3rd. JID Innovations and Peer Review. JID Innov. 2021 Oct 1;1(3):100056. doi: 10.1016/j.xjidi.2021.100056. PMID: 34909739; PMCID: PMC8659384.
《哲学汇刊》是真正意义上的世界近代第一份科学技术学术期刊。在其创刊之前，于1665年1月5日在法国巴黎创刊的《学者杂志》（Journal des Scavans），文学与科学兼顾，但在创刊当年3月即被查禁，后来又蜕变为偏重文学的期刊。《哲学汇刊》的主办单位英国皇家学会（Royal Society），原称伦敦皇家自然知识促进会（The Royal Society of London for Improving Natural Knowledge），成立于1660年11月28日。它由每周在伦敦格雷沙姆学院（Gresham College）讨论实验与培根思想的12位学者发起，1662年得到皇家特许，它是全世界最古老且从未中断的科学机构。博伊尔、胡克、牛顿、哈雷、瓦特、法拉第、开尔文、托马斯·杨、麦克斯韦、卡文迪许、莱尔、达尔文等都是学会的著名会员。