将来到研究所、企业从事大的科研项目或者工程项目，都涉及很多人一起做事。读研期间在课题组内部完成一项研究，往往也涉及课题组成员之间的合作。我们需要科研合作精神，科研合作也能产生成果，但是课题组之间的科研合作涉及不同的人投入时间、精力和经费，也涉及利益分配（谁成为论文的第一作者，谁成为第二作者，谁成为通讯作者）和协调安排，有可能会产生始料不及的矛盾。
研究生加入课题组之后，需要听从导师的指导和工作安排。一个原则是：未经导师许可，不得私自和其他课题组的人开展科研合作。
首先，课题组相对独立地做科研，除非不同的课题组有合作约定或者联合开展大项目研究。导师作为课题组的负责人，有权决定课题组的研究方向以及是否和别的课题组开展合作。
其次，研究生的时间有限。研究生读研有一定的任务安排，遵循一定的考核要求，即在导师的指导下相对独立地做科研，产生署名为第一作者的学术论文。当你把一些时间花在帮助别人做科研时，精力就分散了，对自己的时间安排和科研工作造成影响。对于导师来说，也意味着不能及时推进原本分配给你的课题。
再次，科研合作涉及利益分配。比如：A同学和B同学在一门研究生课上相识。B同学课题组正在研制一种碳纳米管，B同学提出可以“合作一把”，即让A同学在B同学提供的碳纳米管上负载白金纳米颗粒，然后由A同学测试样品的催化性能。这个提议听起来很好，但其实有很多问题需要思考：B同学课题组制备的碳纳米管，是他们新近研发出来的，还没有发表论文，还是根据别人或者自己已经发表的论文重新制备出来？如果是他们新近研发出来，还没有发表论文，那么合作的结果是单独发文，还是合并在一起写论文？而如果B同学只是根据别人的文献把碳纳米管合成出来，那么碳纳米管负载白金并测试催化性能后，这能发表论文吗？论文署名怎么安排？双方的导师是不是共同通讯作者？如果论文发不出来，那是不是A同学测试的结果就成为B同学学位论文的一部分内容？
正确的做法是，当A同学得到B同学发出的合作提议后，把情况告诉自己的导师，由A同学的导师和B同学的导师进行沟通。
这样的例子还有很多。比如：A同学所在的课题组有一套仪器，别的课题组有同学也想来用。A同学就偷偷地帮助别的课题组的同学测试了样品。这是不可以的。正确的做法是由别的同学的导师向A同学的导师提出申请。
再比如：A同学所在的课题组掌握一种数据处理方法，并自编了一个程序。别的课题组的同学也想用这种方法处理数据，他们想获得这个程序。如果A同学偷偷地帮别的课题组的同学分析数据，那么这是导师所不愿意看到的。原因之一是A同学有自己的课题，他帮别人后，自己的精力分散了。原因之二是A同学的导师没有从这件事情上得到任何好处，而自己“吃饭的工具”却被别人拿去了。原因之三是A同学的导师认为：如果教得不好，别人把数据分析错了，反而不好。正确的做法是由别的同学的导师向A同学的导师发出合作申请，由他们去协商。